Pada
pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi kimia yang
dapat dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah satunya
adalah aplikasi qutemol.
Qutemol
merupakan salah satu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari
di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.
Aplikasi
ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan
keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk
meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul
secara luas sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual
molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.
1.
Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita
harus mencari file .pdb dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal
ini dikarena aplikasi qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis
ekstensi file ini (.pdb dan .vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan
aplikasi ini adalah sebagai berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada
tampilan awal, aplikasi ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar
berikut:
2.
Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file
dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.
3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb
4. Untuk
melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan
dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk
diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari
jendela aplikasi qutemol.
keinginan
untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati. caranya
adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada tab preset, maka
bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan. Berikut adalah
beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1' .
6.
Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk
merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan
‘Balls’n’Sticks’.
7.
Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan
diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur
warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan
lainnya.
8.
Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi
ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni
dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.
9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png. Semoga bermanfaat, selamat mencoba!
0 komentar:
Posting Komentar